С работниками бригады заключен коллективный договор о материальной ответственности. При проведении инвентаризации выявлена недостача топлива, инвентаризация проводится каждый месяц. Конкретные виновные работники не выявлены. Наниматель принял решение, что при возмещении ущерба размер ущерба с каждого работника определяется пропорционально фактически отработанному времени.
Правильно ли это?

Да, правильно: пропорционально фактически проработанному времени после проведения нанимателем проверки причин образования ущерба.
При совместном выполнении работниками отдельных видов работ, связанных с хранением, обработкой, продажей (отпуском), перевозкой или применением в процессе производства переданных им ценностей, когда невозможно разграничить материальную ответственность каждого работника и заключить с ним договор о полной материальной ответственности, может вводиться коллективная (бригадная) материальная ответственность (п. 1 Положения № 54).
Бригада принимает на себя полную материальную ответственность за ущерб, возникший при совместном выполнении отдельных видов работ, связанных с хранением, обработкой, продажей (отпус­ком), перевозкой или применением в процессе производства переданных ценностей, когда невозможно разграничить материальную ответственность каждого работника и заключить с каждым из них договор о полной материальной ответственности.
Привлечение членов коллектива (бригады) к материальной ответственности производится после проведения проверки нанимателем причин образования ущерба с учетом письменных объяснений членов коллектива (бригады) и при необходимости заключений специалистов, а также с соблюдением условий привлечения работников к материальной ответственности, предусмотренных ст. 400 ТК (разъяснения даны в п. 24 постановления Пленума № 2).
Материальный ущерб, причиненный нанимателю, возмещается в полном объеме в порядке долевой ответственности путем распределения его между членами данного коллектива (бригады) пропорционально фактически проработанному времени за период от последней инвентаризации до дня обнаружения ущерба (п. 24 постановления Пленума № 2).

Документы:

Положение о коллективной (бригадной) материальной ответственности, утвержденное постановлением Минтруда Республики Беларусь от 14.04.2000 № 54 (Положение № 54).

Трудовой кодекс Республики Беларусь (ТК).